Nowe oznaczenia, oparte na prostych członach literowych i liczbowych, jednoznacznie wskazują charakter oraz kierunek danej linii. Wprowadzony system obejmuje:

• SKA – połączenia aglomeracyjne w ramach Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej (np. SKA1, SKA2),
• K – połączenia wojewódzkie realizowane w ramach Małopolskiej Kolei Regionalnej (np. K3, K7),
• S – wybrane połączenia realizowane przez Koleje Śląskie sp. z o.o.,
• M – połączenia transgraniczne.

Dodatkowo, połączenia przyspieszone zostały oznaczone literą „P” – np. SKA3P czy K7P – co ułatwia ich rozróżnienie od kursów zatrzymujących się na wszystkich stacjach.

Nowy system zaprojektowano z myślą o przyszłości. Uwzględnia on zarówno obecne, jak i planowane w najbliższych latach trasy, które zostaną uruchomione po zakończeniu inwestycji. Dzięki temu numeracja będzie mogła być systematycznie rozszerzana bez konieczności wprowadzania zmian w jej strukturze.

System porządkuje sposób identyfikowania połączeń, ogranicza ryzyko pomyłek oraz ułatwia planowanie podróży – zarówno mieszkańcom regionu, jak i turystom oraz pasażerom z innych części kraju czy zza granicy. Zmiany pozwalają również lepiej integrować kolej z innymi środkami transportu publicznego, m.in. regionalnymi autobusami.

W trosce o wygodę podróżnych opracowany został również schemat linii komunikacyjnych, zawierający aktualny układ linii, trasy przejazdu, przystanki oraz punkty przesiadkowe. Nowe oznaczenia będą obowiązywać we wszystkich kanałach informacyjnych – rozkładach jazdy, aplikacjach, stronach internetowych oraz materiałach drukowanych.

Nowa numeracja zacznie obowiązywać od 15 czerwca 2025 roku, wraz z czerwcową korektą rozkładu jazdy.

W poniższej tabeli zaprezentowano relacje kolejowe oraz ich numeryczne oznaczenia: